Pleskが導入されているサーバでは、CGIファイルはcgi-binディレクトリ内でしか動作しません。
CGIを他のコンテンツなどと同じくhttpdocs内に設置したい場合、「.htaccess」というファイルを作成し、 httpdocs内にアップロードする必要があります。
作成する .htaccessファイルの中身は以下のとおりです。

Options +ExecCGI
AddHandler cgi-script .cgi
AddHandler cgi-script .p

すでに.htaccessがhttpdocs内に存在する場合には、一度そのファイルをご自身のPC上にダウンロードしてから、 上記の内容を追記して、再度アップロードします。

.htaccessファイルをアップロードするときには、FTPソフトの「アスキーモード」を使用してください。